【研究部门】
东京大学东洋文化研究所是1941年11月26日本研究所成立于东京大学，目的是进行东洋文化的综合性研究。成立之初采用部门制,分设哲学‧文学‧史学部门、法律‧政治部门、经济‧商业部门。在附设图书馆内设置了研究室、书库和事务室。1949年、新增设了3个部门并借此机会将研究组织细分化,重新编成哲学‧宗教部门、文学‧语言部门、历史部门、美术史‧考古学部门、法律‧政治部门、经济‧商业部门等6个部门。同时,把本所的中心组织移至文京区大冢町隶属外务省的原东方文化学院的一部分,把原来附设图书馆内的研究室作为分室,以期充实和发展研究。 1951年,增设了人文地理学部门和文化人类学部门。以此为契机,将原来由各学科的专门体系而构成的部门分类,重新编成泛亚细亚经济部门、泛亚细亚人文地理学部门、泛亚细亚文化人类学部门、东亚政治‧法律部门、东亚历史部门、东亚美术史‧考古学部门、东亚哲学‧宗教部门、东亚文学部门等按地区划分的八个部门。由於计划将来充实地区部门的研究，1960年增设了南亚政治经济部门、1964年东北亚部门、1968年西亚历史‧文化部门、1973年东南亚经济‧社会部门、1978年西亚政治‧经济部门，终於拥有了13个部门。 由於亚洲在世界中所占的地位愈来愈重要，为了发挥本研究所在日本的亚洲研究的中枢性指导性作用，有必要进行组织上的整编，充实研究内容，扩大规模。因此，从1981年起，基於新的构想，采用了大部门制,把13个部门统合成泛亚细亚部门、东亚部门、南亚部门、西亚部门，共四个部门。2011年4月设置了新的研究组识「新世代亚洲研究部门」。
【建筑】
创立23年以来，本研究所一直处於暂借附设图书馆内的研究室和外务省管辖的建筑物的状态，1967年，在本乡校园内建设了与综合研究资料馆的联合辨公大楼,5层以上供本研究所使用。 然而，随着研究组织的扩充、研究活动的多样化和图书‧资料的增加，更加迫切地需要改狭窄的设施，特别是增设书库。到了1983年，通过与综合研究馆的交换分合，联合辨公大楼归本研究所使用。同时进行了全面的改装整修工程，於1984年3月完工。本研究所的建筑面积共6577平方公尺，从地下1层至地上8层。3层以下为所长室、辨公室、图书馆、附属东洋学研究情报中心、会议室等，3层的一部分和4层以上为各研究部门的研究室。从地下到地上8层（2层除外）的西北侧部分（约1800平方公尺）为书库。另外，1995年，原东方文化学院前的狮子像从大冢移至东洋文化研究所。
【历代所长】
KUWATA Yoshizo （桑田 芳蔵）1941.11-1943.03
UNO Enku （宇野 圓空）1943.04-1946.10
TODA Teizo （戸田 貞三）1946.10-1947.09
TSUJI Naoshiro （辻 直四郎）1947.10-1954.03
NIIDA Noboru （仁井田 陞）1954.04-1958.07
IIZUKA Koji （飯塚 浩二）1958.07-1960.07, 1964.07-1965.02
YUKI Reimon （結城 令聞）1960.07-1962.07
EGAMI Namio （江上 波夫）1962.07-1964.07
OGUCHI Iichi （小口 偉一）1965.03-1966.03, 1968.04-1970.03
KAWANO Shigeto （川野 重任）1966.04-1968.03, 1970.11-12
IZUMI Seiichi （泉 靖一）1970.04-11
SUZUKI Kei （鈴木 敬）1970.12-1972.03
ARA Matsuo （荒 松雄）1972.04-1973.03
KUBO Noritada （窪 徳忠）1973.04-1974.03
SAEKI Yuichi （佐伯 有一）1974.03-1976.03
ONO Morio （大野 盛雄）1976.04-1978.03, 1982.04-1984.03
FUKAI Shinji （深井 晋司）1978.04-1980.03
NAKANE Chie （中根 千枝）1980.04-1982.03
ONOE Kanehide （尾上 兼英）1984.04-1988.03
YAMAZAKI Toshio （山崎 利男）1986.04-1988.03
SHIBA Yoshinobu （斯波 義信）1988.04-1990.03
IKEDA On （池田 温）1990.04-1992.03
MATSUTANI Toshio （松谷 敏雄）1992.04-1994.03
GOTO Akira （後藤 明）1994.04-1996.03
HAMASHITA Takeshi （濱下 武志）1996.04-1998.03
HARA Yonosuke （原 洋之介）1998.04-2002.03
TANAKA Akihiko （田中 明彦）2002.04-2006.03
SEKIMOTO Teruo （関本 照夫）2006.04-2009.03
HANEDA Masashi （羽田 正）2009.04-2012.03
OKI Yasusi （大木 康）2012.04-2014.07
TAKAMIZAWA Osamu （髙見澤 磨）2014.09-现在